Мои комментарии

Исправили.  При выписке счет-фактуры на аванс все стало работать корректно. 
Но при использовании типовой операции "Оплата нам: по выписанному счету-фактуре УПД)" налоговая проводка формируется на полную сумму, включая НДС.
Как исправить?