Мои комментарии

Счет-фактура на того же контрагента. Причем если пользоваться (13. Распределение платежей по счетам-фактурам (УПД)), платежка разносится по счетам-фактурам, не учитывая, что в них были зачтены авансы.
Т.е если счет фактура на 420 000, зачтен аванс на 120 000, вместо оставшейся суммы в 300 000, зачитываются все 420 000. А если непосредственно при выписке счета-фактуры или оприходовании  пытаться провести платеж, то сумма платежки не уменьшается на уже использованную сумму в платежке справочника платежей.

Так я и закрываю. Открываю следующий счет-фактуру и пытаюсь провести оплату.