Мои комментарии

Подключил их напрямую кабелем. В общем, ситуация не сильно изменилась: стало на секунду быстрее, окно программы по прежнему подвисает. Загрузка сети теперь показывает 26% из 1 Гбит (сетевухи гигабитные, работали через 100Мбит коммутатор). Так что дело не в сети.

Прошу прощения, я неверно выразился. "Главный" компьютер и есть сервер, базы на нем и хранятся. И это естественно, что на нем все летает. Непонятно почему настолько медленно с других компьютеров.
При обычном копировании файлов по сети загрузка такая-же, скорость показывает 6-10 МБ. Антивирус отключали. Пробовали даже в свиче оставить только два компьютера. Единственное что пока не удалось сделать это соединить их напрямую кабелем. Будем пробовать.
Неужели для расчета зарплаты ему необходимо такой большой объем данных скачать?