Мои комментарии

Можете выложить сам бланк?
Хотелось бы посмотреть метод реализации

А налог по матвыгоде должен быть исчислен и удержан последним числом каждого месяца. И всё это вне зависимости от начисления зарплаты. У работника за данный месяц, например, вообще не могло быть начислений.
Это вообще не раздел зарплаты как таковой.

Обновите, пожалуйста, ini файлы структур файлов, чтобы хоть структуру знать и было с чем сравнить.

Что отвечает за проверку структуры? Какой тип должен быть?

Сложность формулы ни при чём.
Если начисления прошлого года, но выплата в текущем - то действуют правила текущего года.
Есть сроки перечисления, в пределах которых можно доплатить, если есть необходимость.

И какой будет алгоритм использования счётов для разных процентных ставок?
У нас есть  отделы на разных ОКТМО, до этого использовались счета структуры 68/НДФЛ/{отдел}
Как теперь лучше организовать?
Хотелось бы типа 68/НДФЛ{ставка}/{отдел}
Но как это лучше это сделать в справочнике отделов на автомате?

Вводить какие-то шаблоны типа 68/НДФЛ##/{отдел} ?
Чтобы "##" использовать на процентную ставку 13, 15, 18  и т.д.?
Программа знает по какой ставке пройдёт данная сумма начисления и формирует проводку на конкретный счёт. И в справочник отдела так указывать
68/НДФЛ##/1
68/НДФЛ##/Адм
68/НДФЛ##/Вод
А если в шаблоне счёта отсутствует "##" то вся сумма падает на счёт 68/НДФЛ/{отдел}

Добрый день!

И бланки перекомпилированы и зарплата пересчитана через 1.1.
Специально в двух отделах сделали счета 68/НДФЛ/1 и 68/НДФЛ/13/1.
Пересчитали. Второй отдел - нет проводок.
Меняем на "короткий" счёт в отделе, пересчёт зарплаты - проводки есть.

диск М: (в т.ч. на этот же новый головной компьютер).

Зря. Теряете скорость доступа к файлам и в перспективе проблемы с сетью. Подключая свой же диск вы заставляете компьютер гонять трафик через свою же сетевую карту. В итоге скорость доступа будет ограничена скоростью сетевого адаптера, а не скоростью диска. Это давно и много раз обсуждалось.
На самОм сервере лучше в автозапуске использовать "SUBST M: D:\B_net"
В крайнем случае подключать свой же диск через "net use /y M: \\127.0.0.1\B_net"
Этот адрес не подлежит маршрутизации и специально используется для создания обратной петли и обращения к своему же компьютеру.
А ещё лучше использовать для базы отдельный раздел диска, сменить ему имя на М: и полностью его шарить в сети.

Может быть и другое.
Практически после каждого обновления у Windows 10/11 слетают настройки сети. Может отключилась поддержка SMB v1.0 
В панели управления, "Программы и компоненты".
Слева есть пункт "Включение и отключение компонентов Windows"
Проверьте состояние параметров "Поддержка общего доступа в файлам SMB 1.0/CIFS"
И ни в коем случае не включайте параметр "Автоматическое удаление..."

Такое иногда бывает, если уже открыты карточки нового года ДО установки хотфиксов.
Я обычно прыгаю между годами туда-сюда 2024 - 2025.

По каким основным критериям идёт выборка людей? Уволен? Наличие карточки текущего месяца?
Может написать бланк, чтобы удалялись карточки людей в текущем месяце, если в текущем и предыдущем месяце стоит статус "уволен"? Чтобы не плодить пустоту.
Это облегчит задачу?

Попробуйте принудительно обновить драйвер ключа не из поставки ИБ, а с сайта производителя.
Распакуйте архив в отдельную папку, в свойствах ключа в диспетчере устройств нажмите "Обновить" и укажите папку с распакованными файлами.
Там последняя версия с цифровыми подписями.

Меню "МН - Настройки раздела - Параметры выгрузки".
При заполнении нажмёте "Дополнительные параметры".

Не забудьте в справочнике организаций завести организацию-оператора и по кнопке "Данные ЭДО" укажите, что это не участник, а оператор ЭДО.

Перекомпилировать бланки и выполнить синхронизацию библиотек.

Скачайте новый бланк, а то вкралась мелкая ошибка.