Мои комментарии

Во всех программах все заканчивается свыше 2.4 млн.руб. до 5 млн.руб.

Традиционный танец с бубном, надо установить Год расчётного периода на 2024 год, а потом на 2025.

Только сохранить бланк лучше под другим именем.

Надо создать новое определение СЧ_НДС_АВ.

Надо установить в Определениях параметр МЕТОД_РЕАЛ=1, по оплате.
и параметр СЧ_НДС_АВ ="Счёт НДС для авансов".

Судя по пояснениям, надо смотреть. Можно через AnyDesk
Позвоните +7 (925) 507-42-82

Поподробнее, пожалуйста.
Приведите пример расчёта этого сотрудника.
Бланк 1.1, 1.1а, 4.1, Х.16, 5.2, 5.6.2.

Посмотрите бланк "8.30. Проверка расчетов межрасчетных выплат".

При каких условиях это "НЕТ" будет критично и когда оно сработает?

Это бывает надо, когда начислен больший налог, например работник принёс справку о праве на вычет с запозданием.

Посмотрите в прочих расчётных данных "Данные дохода на начало года".
Может там сумма стоит ненулевая?

Для инфо-сервера помогало раньше включение трассировки.
Ещё Сергей Олейник проверял.
Помогает работа в терминале. До 40 пользователей всё работало.

Скорее всего, у вас проблема с обновлением.
Путь к программе у Вас не стандартный, там присутствует имя архива 2023 года.
Я бы посоветовал сделать следующее:
1.Создать резервную копию.
2. Установить заново программу.
3. В новой программе извлеч данные из резервной копии.
Думаю, работа наладится.

Инфо-Бухгалтер различает большие и маленькие буква.
У вас где-то стоит "аванс", а в справочнике Аванс.

Это дистрибутив какого года?

О, и не такое бывает!

Проверьте Определения, есть ли запись СЧ_ТОВ?
Скорее всего её нет, добавьте со значением "90/1/1".

Задвоение где?
В книге продаж, или в файле ручного ввода?
Может есть записи счетов-фактур или УПД?
Если удалить одну запись в ручном вводе, задвоение уйдёт?

В строке состояния терминала (нижняя строка экрана) на иконке Инфо-Бухгалтера нажать правую кнопку мыши и выбрать "Закрыть окно".

Вы её точно удалили?
Вопрос про подтверждение удаления был?
В правой колоночке поставьте Да, ежеле что.

Для розницы с кассами за источник данных надо брать выгрузку по кассам от оператора кассовых аппаратов, СБИС или Контур. Там есть все исходные данные. 
Выгрузить в Excel и сделать импорт в Инфо-Бухгалтер.
P.S. Ввести одновременно данные в ручном вводе 10 и 20% действительно нельзя. Вводите двумя записями.

Могу предложить менее трудоёмкий вариант.
Произвести отгрузку товара по нулевой себестоимости.
Дождаться обещанного исправления в конце марта 2025 года.
Импортировать документы в формате 5.03.
Рассчитать бланк 
"0.1 Перепроведение проводок по себестоимости при реализации (цена на конец месяца)"
 из раздела "3. Счета, счета-фактуры, накладные, прайс-лист"
Все проводки по реализации будут перепроведены по себестоимости на конец месяца.
Если требуется делать проводки на момент реализации, то и это можно сделать.
P.S. Эти бланки есть в нашем варианте обновления программы.