Мои комментарии

У Вас в обоих номерах расчетов один и тот же код начисления, кнопка бланка "Коды начислений и настройки разделения", код "Отпуск".
С этим кодом и сохраняются обе начисленные суммы.
У Вас, наверное, в справочнике начислений два одинаковых кода "Отпуск".
В справочнике начислений измените код начисления для отпуска РК и потом его укажите в бланке.
Я добавлю проверку в справочник.

Какие данные в бланке расчета отпуска по кнопке "Коды начислений и настройки разделения" для номера расчета 2?

В справочнике начислений в поле ОТП "+" должен стоять - начисления, которые берутся в расчет отпуска.

Выбираете тип расчета "расчет начислений (без оклада)", ставите "v" - учесть начисления. В списке начислений бланка можно дополнительно указать начисление "Отпуск". Далее расчет бланка.
Тип расчета "по сумме межрасчета в карточке НУ" рассчитает начисление оклада (в данном случае "Повременно") с суммой указанной в карточке НУ в поле суммы межрасчета.
"Расчет начислений (без оклада)" - к расчету берутся начисления, указанные в карточке НУ без расчета оклада. В данном случае должно рассчитаться начисление "Отпуск".

Получается до декабря сумм РК не выделить. Эти суммы не считаются. Они берутся из уже рассчитанных данных так же как остальные начисления.

До текущего года РК выделялся отдельным начислением? 
В справочнике начислений для начисления районного коэффициента стоит "-" - значит это начисление не берется в расчет отпуска.
Для начисления "Отпуск"  в справочнике начислений стоит "+" для двух налогов ПОДН и ПОНКН - в результате при расчете зарплаты будет облагаться двумя налогами вся сумма отпускных.
В справочнике начислений сделайте еще одно начисление такое как "Отпуск" - только поставьте для  налога ПОДН - "-" , а для налога ПОДНКН "+".
В бланке расчета отпуска в "Коды начислений и настройки разделения" для типа расчета "2" укажите новое начисление.

"Выводить суммы РК отдельно" - это вывод данных. Отдельное начисление для сумм РК отпускных сделано или всё идет на одно начисление? Если сделано отдельное начисление, проверьте в справочнике начислений, каким налогом оно облагается, для обложения налогом на РК - "+" в поле "ПОДНКН".

Добрый день!
Бланк расчета зарплаты?

Добрый день.
Пока нашел только одну причину - счета налогов расчета аванса отличаются от счетов при расчете зарплаты.
Лечится пересчетом аванса, настройка по F4 в бланке "Выбирать удержание межрасчета"="Из данных".

Базу можете прислать на zp@ib.ru?
Папка DATA\ZP.

На текущий момент аванс при пересчете не будет учтен. Расчет зарплаты будет такой же и по пределам и по вычетам.

Добрый день!

Межрасчет рассчитан и выдан 05.05.2025?
Расчетный период для межрасчета апрель или май?

Обновление будет.

Добрый день!

Расчет корректируется. 

Добрый день!

Проверьте налоги сотрудников (меню "Зарплата -> Настройки -> Налоги работников"), налог ПОД35.
На какой файл и на какую строку ошибка указывает?
Можете прислать файл error.log из папки программы&
В нём должна остаться запись, куда указывает ошибка.

Добрый день!

Какие данные в бланке "5.  6.3. Данные сотрудника по месяцам расчета и дохода"?

Добрый день!

Папку DATA\ZP\ZP_CFG пришлите на zp@ib.ru.

Добрый день!

Оно автоматом при расчете обратно ставит этот "+" в ПОДНКН для стандартного начисления "РайКоэф". Горячего подождите. Тогда можно будет так же настроить это начисление.
Если нужна только РПВ, чтобы там одна колонка была для НДФЛ, то можно еще в справочнике удержаний для этих налогов одну и ту же колонку поставить. Но тоже после горячего обновления.

Базу можете прислать на zp@ib.ru?
Бланк "Х 2. Резервное копирование базы данных" - "Урезанная копия (без личных данных сотрудников):"

При таких настройках у второго сотрудника правильный расчет.
Можно скрин лицевой карточки на первого сотрудника?