Мои комментарии

Посмотрите еще в базе знаний Если Вы смотрели может пересмотреть...
http://www.ib.ru/wiki/category/128
я как почта заработает тоже постараюсь Вам прислать материал на помощь...

Мне кажется нужно дождаться ответа разработчика по Вашей проблеме.
Я посмотрю что у меня есть..Правда почта заглючила..

Вот ОРН и УСН Интерфейс одинаковый

программа запустилась с совершенно другим интерфейсом. И я теперь на неё смотрю и не понимаю пока, что делать. Появилось меню "файл", в котором можно создать новый проект.

Это что за совершенно другой интерфейс? У Вас что раньше не такой был?

Файл и далее Это для программирования чего то своего.

Что то у Вас так сложно))
Ставиться программа(она одна на все) , баз может быть несколько.
ОРН, УСН, Бюджет( у меня моя база на каждый год своя)
а потом переключаетесь на базы( если не хотите в одной базе 2 предприятия с разным налогообложением)
Я предпочитаю переключаться. Все таки шаблоны разняться.

Уточняю Утилитой или из программы Создаете Новую базу из копии А копия -это шаблон рабочей базы по УСН

Вы можете скачать рабочую базу на УСН и создать на её базе новую и переключаться между ними
Или поставить опцию В Программе Установка Параметры учет организаций Поставить несколько.
завести еще одну и поставить в Реквизитах Система налогообложения Упрощенная.
Я предпочитаю лучше создать новую базу и переключаться.

Женя! Проводки все равно приходиться корректировать.
Покажи как у тебя получается это все в АО.
Там ведь нужно оприходовать товар и получить кредитовый остаток на 71,
не задействуя кассу, из которой не получал аванс.
Возмещают уже потом. Если я правильно поняла вопрос.

Почитайте материал по этой теме http://www.ib.ru/wiki/3986

Попробуйте Установку границ отчетного периода

29.12.2014 через Лицевой счет за декабрь 2014 (вкладка Выдача) - ставлю галочку БУ по выдаче ЗП. В ЖХО все заносится и я вижу проводки: Дт 70 Кт 50/касса, но сформировав Кассовую книгу за 29.12.2014 там нет РКО на выдачу аванса.

Я смоделировала Выдачу. Сформировала проводки .В кассе не появиться из ЛС РКО
Зашла в бланк 3.4 Выдача заработной платы При опции в Параметрах Задолженность на дату операции
Сформировала список на дату выдачи суммы автоматом подхватились.
И после этого в кассе все появилось.
Никакой красноты у меня небыло.
Советую на красноте по правой кнопке мыши вывести Хоз.операции или Движение средств
и посмотреть нет ли там задвоенности или путаницы в счетах.
Может прихода в кассу не было.
В журнале учета платежей По РКО попробовала на пробной базе. Исправила сумму. Не ругнулось сохранилось...
В каком РКО исправляете? Какая там операция? Что исправлете?
Ваша фраза "если нужно что-то исправить" не раскрывает сути.

Поставьте Опцию Перерасход.
Но как я ни пробовала, корректировать операцию вручную все равно приходиться.
Потому что на эту ситуацию АО не совсем подходит.

По первому вопросу.
Мне не удалось смоделировать Ваш пример, из-за ошибки в программе...
Буду выяснять почему.
По логике, если Вы внесли в верхний уровень Склад, то он должнен автоматом в этой ячейке проставляться...
Сделайте копию, и попробуйте оприходовать товар, не внося в ячейку Склад.
Посмотрите будет он на этом Складе или нет.
Но мне почему то кажется что не будет...
Если нет в ячейке, то нужно указать Склад
или в ячейке или на главной закладке Оприходования товара.

По второму вопросу
рис 2
И в этом я с Вами согласна.
По логике, если товар без НДС, по умолчанию должно проставляться НЕТ в этих ячейках.
Дождемся разработчика и его ответов.

Так 3.6 Авансовый отчет в Кассовых операциях.

Забыл добавить, что это касается не только пенсионного фонда и не только этого работника

Во первых раскройте желтый чемоданчик у работника, посмотрите что в развернутом виде у Вас.
Вы сделали что я советовала?
А именно Удалить расчеты налогов и сделать заново.
Перед всеми манипуляциями настоятельно рекомендую сделать копию.
Делается прямо из программы Установка-Резервная копия.

Подтверждаю. Есть такое.
Два весенних месяца это хорошо конечно)))
Разработчики. Исправьте пожалуйста.

У меня нормально.
Это информация к разработчикам, что бы они поправили это в бесплатной версии.
Как вариант СДЕЛАЙТЕ КОПИЮ базы, а потом попробуйте удалить двойник.
Повторяю, все пробы делайте при наличии копии.
Если пробы не удались можно спокойно вернуться к исходному варианту.

Извиняюсь! Правильно так:

Дополню Если нужно при оприходовании их формировать . Переходим к закладке ПАРАМЕТРЫ( Включаем галки у счета-фактуры)Она автоматом попадет в Книгу покупок.Рис 12

Я советую удалить результаты расчета налогов и проводки по ним.
Расчитать налоги заново и провести проводки.
Если не поможет
Подробнее опишите пожалуйста.
Что начисляли, что формировали, какие взносы не идут.
Скрины если можно.
Я думаю, если Вы опишите свои, действия может быть и сами обнаружите в чем причина.