Мои комментарии

Т.е. Вы НАПРЯМУЮ поставщику в руки отдали аванс из кассы?
Вы преимущественно наличкой работаете.
Ну тогда так наверное можно сделать...
1 ПКО от Учредителя
Заводите его в справочнике контрагентов и присваиваете ему статью ( если нет -заводите)
условно, Заем ( Заемные средства от учредителя) Ставите в статье в Получателе кассу 50
Плательщик счет 66 (67)
Получаете проводку
Д50 К 66
2 Далее из кассы выдаете аванс поставщику ( Статья Расчеты с покупателями/поставщиками)
Получите проводку
К 50 Д 60\СР
Если критично, чтобы стоял 60/А Сделайте статью учета ( я бы сделала копию статьи Расчеты с покупателями/поставщиками, Обозвала Аванс Поставщику и переделала в ней Счет Плательщика 60\А)
Получите проводку
К50 Д 60\А.

поставщику предоплату сделали 5000 руб

Наличными деньгами? Из кассы?

Как проверить, есть ли этот товар на складе?

Есть куча отчетов, например по складам 2.11

Я имела ввиду бланк из Кассовых документов

А у Вас какое обновление стоит?

Посмотрите еще в базе знаний Если Вы смотрели может пересмотреть...
http://www.ib.ru/wiki/category/128
я как почта заработает тоже постараюсь Вам прислать материал на помощь...

Мне кажется нужно дождаться ответа разработчика по Вашей проблеме.
Я посмотрю что у меня есть..Правда почта заглючила..

Вот ОРН и УСН Интерфейс одинаковый

программа запустилась с совершенно другим интерфейсом. И я теперь на неё смотрю и не понимаю пока, что делать. Появилось меню "файл", в котором можно создать новый проект.

Это что за совершенно другой интерфейс? У Вас что раньше не такой был?

Файл и далее Это для программирования чего то своего.

Что то у Вас так сложно))
Ставиться программа(она одна на все) , баз может быть несколько.
ОРН, УСН, Бюджет( у меня моя база на каждый год своя)
а потом переключаетесь на базы( если не хотите в одной базе 2 предприятия с разным налогообложением)
Я предпочитаю переключаться. Все таки шаблоны разняться.

Уточняю Утилитой или из программы Создаете Новую базу из копии А копия -это шаблон рабочей базы по УСН

Вы можете скачать рабочую базу на УСН и создать на её базе новую и переключаться между ними
Или поставить опцию В Программе Установка Параметры учет организаций Поставить несколько.
завести еще одну и поставить в Реквизитах Система налогообложения Упрощенная.
Я предпочитаю лучше создать новую базу и переключаться.

Женя! Проводки все равно приходиться корректировать.
Покажи как у тебя получается это все в АО.
Там ведь нужно оприходовать товар и получить кредитовый остаток на 71,
не задействуя кассу, из которой не получал аванс.
Возмещают уже потом. Если я правильно поняла вопрос.

Почитайте материал по этой теме http://www.ib.ru/wiki/3986

Попробуйте Установку границ отчетного периода

29.12.2014 через Лицевой счет за декабрь 2014 (вкладка Выдача) - ставлю галочку БУ по выдаче ЗП. В ЖХО все заносится и я вижу проводки: Дт 70 Кт 50/касса, но сформировав Кассовую книгу за 29.12.2014 там нет РКО на выдачу аванса.

Я смоделировала Выдачу. Сформировала проводки .В кассе не появиться из ЛС РКО
Зашла в бланк 3.4 Выдача заработной платы При опции в Параметрах Задолженность на дату операции
Сформировала список на дату выдачи суммы автоматом подхватились.
И после этого в кассе все появилось.
Никакой красноты у меня небыло.
Советую на красноте по правой кнопке мыши вывести Хоз.операции или Движение средств
и посмотреть нет ли там задвоенности или путаницы в счетах.
Может прихода в кассу не было.
В журнале учета платежей По РКО попробовала на пробной базе. Исправила сумму. Не ругнулось сохранилось...
В каком РКО исправляете? Какая там операция? Что исправлете?
Ваша фраза "если нужно что-то исправить" не раскрывает сути.

Поставьте Опцию Перерасход.
Но как я ни пробовала, корректировать операцию вручную все равно приходиться.
Потому что на эту ситуацию АО не совсем подходит.

По первому вопросу.
Мне не удалось смоделировать Ваш пример, из-за ошибки в программе...
Буду выяснять почему.
По логике, если Вы внесли в верхний уровень Склад, то он должнен автоматом в этой ячейке проставляться...
Сделайте копию, и попробуйте оприходовать товар, не внося в ячейку Склад.
Посмотрите будет он на этом Складе или нет.
Но мне почему то кажется что не будет...
Если нет в ячейке, то нужно указать Склад
или в ячейке или на главной закладке Оприходования товара.

По второму вопросу
рис 2
И в этом я с Вами согласна.
По логике, если товар без НДС, по умолчанию должно проставляться НЕТ в этих ячейках.
Дождемся разработчика и его ответов.

Так 3.6 Авансовый отчет в Кассовых операциях.