Мои комментарии

Пришлите файл DATA/ZP/ZP_TAB/zp_tab18 - это данные по выплатам
DATA/ZP/ZP_TAB/zp_tab12 - это данные по начислениям
и DATA/ZP/ZP_CFG/zp_cfg48 - это соответствия выплат
Персональных данных в этих файлах нет.

Отдельный не получиться. 
Отпуска были начислены за какие месяца(имеется ввиду карточка НУ в которой стоят начисления, за какой месяц они были)? Выдавались какими выплатами, код выплаты один и тот же? Выплаты были межрасчетные, для них соответствие в бланке 6-НДФЛ настроено?

Базу можете на zp@ib.ru прислать?

Не очень понял что необходимо сделать. Настройка "Обработать выдачу через перевод удержания" связана с переводом денег в банк через удержание. Все даты отсчитываются от даты выплаты.

Попробуйте настройку "Обработать несколько выдач  ЗП".

Горячее обновление № 6 от 23.01.2019

Какую форму и какой тип сдаете?

В справочнике начислений посмотрите "+", "-" и значение статей для необлагаемых начислений.

Если только через кадры - графа в бланке СЗВ-СТАЖ ""Редактирование соответствий отклонений в кадрах""

Файл не пришлете на zp@ib.ru?

Добрый день!

Какие настройки у начисления в справочнике начислений - в полях подоходного налога?

Здравствуйте!

По F4 настройка "Брать данные о больничных" стоит "из зарплаты"?
У данных по начислениям в карточке НУ стоит период начала - окончания, время?

Добрый день!

У Вас, скорее всего, вычеты стояли в карточках до ноября, они и применились.
В лицевой карточке посмотрите по месяцам.
Удалить можно через ТО - меню "Зарплата-Служебные-Удаление вычета".

Пересчитайте зарплату.

Здравствуйте!

В карточке работника Н и У сумм за счет ФСС нет.

Возможно из карточки его убрали после расчета зарплаты.
И оно осталось в рассчитанной ЗП.

Базу можете прислать на zp@ib.ru?

Это файл формата 5.05.
Его можно выгрузить через бланк "Формирование данных и выгрузка на МН 2-НДФЛ с 2015 г.", предыдущий бланк формирования данных.

Какое обновление у Вас стоит?
Горячие обновления к нему все установлены?

В фонде какой программой проверяли, ПО-ПД?
Файл, который приняли, не пришлете?

Обновите программу Tester, у нее версия 2.134.
Файл проверяется только последней 2.136.

Проверяли программой Tester?