Мои комментарии

Медицина и дополнительные взносы вручную.
Страховая и накопительная части на основе ИС, и в таблице 4 тоже.

Зарплату через бланк 1.4 выдаете?
Прислать базу на zp@ib.ru можете?

Куда ошибка указывает?

Код выплаты какой?

По вычетам хотфикс выходил, и строка 080 должна нормально с ним встать.
070 строку посмотрю.
По поводу отдельной выплаты отпускных как и больничных в середине месяца, там надо заполнить таблицу соответствия и выдавать как отдельной выплатой со своим кодом.
При выдаче отпуска с окладом должно все работать (если отпуск выдавался в июне, срок перечисления - 30.06).
Когда начисляли отпускные, какой стоит код дохода начисления тем, кому отпускные выдавали?

Можете прислать на zp@ib.ru
файл, который ИБ формирует?

Если нужна форма для отчета, то нет.
Если только суммы, то можно воспользоваться бланком командировочных.

На это влияет настройка по F4 откуда ОКАТО брать.

Бл или блр ставится при вводе больничного листа.
На НДФЛ это в общем-то не влияет.
Влияет, какое Вы начисление сохранили в карточку и его настройки в справочнике.

Начисление, которое поставили в карточке НУ, у него в справочнике начислений, скорее всего, + стоит в колонке подоходного налога, либо - ставьте, либо другое начисление.

Тип сотрудника не меняли? Это не тарифы, тарифы это налоги предприятия, а это взносы.

Ставка настраивается в меню "Зарплата-Настройки-Взносы предприятия".
В меню "Зарплата-Списки-Взносы предприятия для типов" выбираются взносы для типа.

В хотфиксах.

Хотфикса подождите

Подождать, либо разъяснения выйдут, либо программы проверки обновятся.

Подождите - сегодня хотфикс должен выйти.
Если не поможет, тогда пришлите папку ZP на zp@ib.ru.

Перед отправкой программой CheckPFR проверяли?

А базу не пришлете?

И в СЗВ-М и в ИС РСВ-1.

Возможно, две из них внесены в таблицу особых условий в 7.52, а две - нет.