Мои комментарии

Бланки для всех баз одинаковые? Вы свои бланки не пишите?
Если все едино, то в Установке/Настройки/Папки сделайте от папки базу только Арзивы и ДАТА, а все остальное от текущей директории и обновляйте только саму программу а не базы.

Видимо что-то не то установили.
Войдите в Меню Зарплата и Кадры/Заплата/Настройки/Шкала вычетов.
В первой строке введите в колонке Сумма - о, а в колонке Коэффициент - 1.
Во второй строке 20000 и 0 соответственно.

Измените год расчетного периода на 2013 г. и заново сформируйте сведения.
Меню/Зарплата-Кадры/Зарплата/Расчетный период

Модернизировано ОС и 0-ая остаточная стоимость?

Пройти тем же путем.

Войдите в Меню Операции/Счета-фактуры/Настройка печатных форм 2.0
в строке Форма выберите Накладную Торг-12, а в строке Шаблон - Пользовательский ДА
и в строке "18 Количество строк на страницу" установите 65

Не забудьте при формирвании установить Расчетный период 2013 г.

В этой таблице указана база для взносов.
Больничные в базу не включаются и взносами в ПФР и другие фонды не облагаются

Мне кажется Тестер еще не готов к сдаче 2-НДФЛ

Это уже возможно.Просто вместо ОКАТО укажите код ОКТМО, т.к. бланк еще не изменился и в нем так и есть указание кода ОКАТО, но ФНС сказало, что вместо него просто указать коды ОКТМО

А в каких таблицах? В какихграфах?

Базы переносятся методом простого копирования

Заново скачайте обновление.

А говорят необходио ставить прочерки до 11 знаков

тестер не готов к проверке нового формата

На главной странице этого сайта в разделе Что нового для бухгалтера в программе Инфо-Бухгалтер 8.7 от 23 декабря 2013 года указано:

Скорректирован форматы выгрузки:

В бланке 3.01 (9б) Налоговая декларация по НДС в соответствии с Приказом ФНС России от 26.11.2013 N ММВ-7-6/524@ (формат 5.03).
В бланке 2. Налоговая декларация по единому налогу для УСН в соответствии с Приказом от 12 ноября 2013 г. N ММВ-7-6/491@ (формат 5.03).
В бланке 2.01 Единой (упрощенной) налоговой декларации в соответствии с приказом ФНС России от 27.11.13 № ММВ-7−6/527@ (формат 4.02).
В бланке 5.051 Налоговой декларации по единому сельскохозяйственному налогу в соответствии с приказом от 27.11.13 № ММВ-7−6/527@ (формат 5.02).

Примечание: По состоянию на 17.00 часов московского времени 25 декабря 2013 года программой Tester последней версии (2.58) эти новые форматы выгрузки ещё не проверяются.

после закоментирования строк ДОБ.ЗАКРЫТЬ
программа , при оставлении поля для начисления 6% пустым говорит о невозможности записать данные в папку ДАТА/ZP/ZPTEMP/zp_temp_01.dbf
Ошибка отправляет нас в IB_TOP.
Если в строке 3529 позиции 89 между кавычками проставить пробел , то все работает
ЕСЛИ пи="Х" ТО БДВР.ЗАП_ПОЛЕ("ATTR16", "ДА") ИНАЧЕ БДВР.ЗАП_ПОЛЕ("ATTR16", " ") КОНЕЦ_ЕСЛИ //Самородский 12.13

Посмотрите настройки бланка по F4. Как указано производить расчет при начислении за счет предприятия? По умолчанию?

Поддерживаю по видеороликам!!!

Установите обновление платформы, а не только бланков.