Мои комментарии

Это оптимизируем.

Не очень понятно, что и где выдало "что не может определить,
что это за фактура и считает ее не зарегистрированной". Поподробнее опишите, пожалуйста.

Посмотрим, в чем дело.
Замедление именно при смене количества?

Программа ИБ8?

Должно убрать.

Еще это почитайте http://www.ib.ru/wiki/1964

Я уже предлагал посмотреть Вашу ситуацию по тимвьюеру,
а то тут можно еще неделю сервера переставлять...

Копии резервные баз делали перед сносом сервера?
На будущее - СУБД лучше не трогать, если какие-то проблемы с платформой или прикладными.
Из папки прикладных сохраните следующие файлы:

Перед удалением информации об установленных прикладных компонентах обязательно сделайте копию файлов настройки рабочего места:

athloc.cfg — настройка рабочего места сотрудника

athena.ini — настройка подключения к программе

athsrv.cfg, athsrv2.conf, athsrv2.ini — настройка сервера (для сетевой версии — серверной его части)

ircon2.ini — настройка поиска сервера (для сетевой версии — серверной его части)

radmin2.ini — настройка программы удаленного администрирования сервера (для сетевой версии)

MSSQLAdm.ini — настройка утилиты управления базами данных

Удалите 2008 сервер, поставьте из нашего дистрибутива
http://ib.ru/downloads/utils/MSSQL2008R2.EXE
После этого установите платформу и прикладные.
Восстановите базу данных утилитой и добавьте службу базы данных.
http://www.ib.ru/wiki/440#net

Лучше по тимвьюеру посмотреть.

http://www.ib.ru/wiki/4415

Какая версия стояла до обновления?

http://users.kaluga.ru/logika/ib_prot.htm

У Олейника вроде были какие-то мысли по этому поводу...

Каким образом с файлом работаете? Нужно использовать функции по работе с XML (в справке /docs/platform/ib8/lang/func/xml_functions_chapter.html).

Скопируйте из старой программы файл APPPRINT.EXE в рабочую папку ИБ8.

Выпущено горячее обновление по прибыли.

Выпущено горячее обновление.

Поиск по количеству?
При быстром поиске из операции - остатки и так выводятся.

Про сквозную нумерацию посмотрим. Что касается списка авансовых с-ф, то они содержатся в журнале платежей (используйте фильтр).

Есть ключ /dup - позволит запустить несколько рабочих версий в одной папке, но это крайне не желательно (будут проблемы с сохранением профиля (настроек) пользователя на данном рабочем месте). Рекомендуется все-таки устанавливать прикладные компоненты в разные папки.