Мои комментарии

Что Вы подразумеваете под этой операцией?
Скорее всего, списание - 1.7. Списание запасов (VII.1.7).

Исчисленный налог считается по общей сумме дохода по ставке.
При этом допускается погрешность в 1 рубль на каждого сотрудника.

Может антивирус мешает? Какой антивирус стоит?

Выпущено горячее исправление.

Спасибо за замечание. Выложено горячее обновление.

Попробуйте установить все хотфиксы к последнему обновлению.

Раздел 1 заполняется отдельно, раздел 2 отдельно.

Проверку чеком пфр делали?

Перезагрузите компьютер.

Вероятно из-за округления возникает такая ситуация, но в этом нет ничего страшного:
Сумма исчисленного налога (стр. 040) должна быть больше либо равна произведению разности (стр. 020 - стр. 030) на ставку (стр. 010), деленному на 100. Допускается погрешность (в обе стороны) на величину: стр.060 * 1 руб. * кол-во строк 100 (п.6 ст.52 НК РФ).

Какая у Вас версия программы?

Смотрю на логи изменений, в конце 2015 только увеличено поле NAMEIZD до char(254), больше ничего не менялось. Будем разбираться. Можете прислать базу, на которой виснет, и описать шаги для воспроизведения проблемы?

Попробуйте создать базу данных с помощью утилиты, там ничего никуда присоединять не надо:
http://www.ib.ru/wiki/440

Можете прислать Вашу базу на ib10@ib.ru?

В директории программы.

Покажите скриншоты, как Вы производите выгрузку (по шагам)

По контрольным соотношениям допускаются отклонения по исчисленному налогу, так что не переживайте:

Сумма исчисленного налога (стр. 040) должна быть больше либо равна произведению разности (стр. 020 - стр. 030) на ставку (стр. 010), деленному на 100. Допускается погрешность (в обе стороны) на величину: стр.060 * 1 руб. * кол-во строк 100 (п.6 ст.52 НК РФ).

Ключ ЛПТ?
Удалите драйверы Sentinel с рабочих компьютеров, на сервере поставьте последнюю версию ключа (http://ib.ru/downloads/utils/PlugDriver.EXE), также проверьте настройки фаервола на сервере и клиенте - для тестирования их вообще лучше отключить!
http://www.ib.ru/wiki/577#NetSentinel

Дело оказалось в том, что был скрыт столбец Код.

Давайте посмотрю удаленно?
Пишите на ib10@ib.ru, как сможете показать.