Мои комментарии

Спасибо за замечание. Выложено горячее обновление.

Попробуйте установить все хотфиксы к последнему обновлению.

Раздел 1 заполняется отдельно, раздел 2 отдельно.

Проверку чеком пфр делали?

Перезагрузите компьютер.

Вероятно из-за округления возникает такая ситуация, но в этом нет ничего страшного:
Сумма исчисленного налога (стр. 040) должна быть больше либо равна произведению разности (стр. 020 - стр. 030) на ставку (стр. 010), деленному на 100. Допускается погрешность (в обе стороны) на величину: стр.060 * 1 руб. * кол-во строк 100 (п.6 ст.52 НК РФ).

Какая у Вас версия программы?

Смотрю на логи изменений, в конце 2015 только увеличено поле NAMEIZD до char(254), больше ничего не менялось. Будем разбираться. Можете прислать базу, на которой виснет, и описать шаги для воспроизведения проблемы?

Попробуйте создать базу данных с помощью утилиты, там ничего никуда присоединять не надо:
http://www.ib.ru/wiki/440

Можете прислать Вашу базу на ib10@ib.ru?

В директории программы.

Покажите скриншоты, как Вы производите выгрузку (по шагам)

По контрольным соотношениям допускаются отклонения по исчисленному налогу, так что не переживайте:

Сумма исчисленного налога (стр. 040) должна быть больше либо равна произведению разности (стр. 020 - стр. 030) на ставку (стр. 010), деленному на 100. Допускается погрешность (в обе стороны) на величину: стр.060 * 1 руб. * кол-во строк 100 (п.6 ст.52 НК РФ).

Ключ ЛПТ?
Удалите драйверы Sentinel с рабочих компьютеров, на сервере поставьте последнюю версию ключа (http://ib.ru/downloads/utils/PlugDriver.EXE), также проверьте настройки фаервола на сервере и клиенте - для тестирования их вообще лучше отключить!
http://www.ib.ru/wiki/577#NetSentinel

Дело оказалось в том, что был скрыт столбец Код.

Давайте посмотрю удаленно?
Пишите на ib10@ib.ru, как сможете показать.

Установите обновление от 04.04.2016, там все есть.

Можете вручную базу на существующем сервере создать.
Какие ошибки были на ноуте?
Можете попробовать отключить антивирус на время установки.

Количество переделов ничем не ограничено. Посмотрите по F1, там про операции и диалоги подробно расписано.

Ну этот адрес - это группа, не пользователь. Может в этом дело