Мои комментарии

В каких операциях?
Сейчас надо зайти в каждую операцию и перевыбрать валюту для актуализации курса.

Совсем не понятно, что Вы сделали, что в итоге Вы видите и что Вы хотите увидеть...

А может учесть сумму остатка в счет будущих поставок?

А что для Вас означает блок Производство?!

Проверьте колонку Учетные цены в таблице номенклатуры.
У всех строк они найдены?

Спасибо за информацию, выпущено горячее обновление.

Проверьте тут http://flk.keydisk.ru/ или тут http://www.kontur-pf.ru/check.

Тут http://flk.keydisk.ru/ и тут http://www.kontur-pf.ru/check Ваш файл проверяется без ошибок.

Исправлено.

Что Вы подразумеваете под этой операцией?
Скорее всего, списание - 1.7. Списание запасов (VII.1.7).

Исчисленный налог считается по общей сумме дохода по ставке.
При этом допускается погрешность в 1 рубль на каждого сотрудника.

Может антивирус мешает? Какой антивирус стоит?

Выпущено горячее исправление.

Спасибо за замечание. Выложено горячее обновление.

Попробуйте установить все хотфиксы к последнему обновлению.

Раздел 1 заполняется отдельно, раздел 2 отдельно.

Проверку чеком пфр делали?

Перезагрузите компьютер.

Вероятно из-за округления возникает такая ситуация, но в этом нет ничего страшного:
Сумма исчисленного налога (стр. 040) должна быть больше либо равна произведению разности (стр. 020 - стр. 030) на ставку (стр. 010), деленному на 100. Допускается погрешность (в обе стороны) на величину: стр.060 * 1 руб. * кол-во строк 100 (п.6 ст.52 НК РФ).

Какая у Вас версия программы?