Мои комментарии

Присутствие блока в ОРН только иллюзия. Там нет библиотек к блоку. Библиотеки лежат в УСН.
Весь блок лежит в Бюджете, но чуть поновее.
Что делать.
Надо файл BUD_RPDOC.PAK из дистрибутива Бюджетной версии переименовать в файл USN_RPDOC.PAK и поместить в дистрибутив УСН. После этого установить обновление на версию УСН.

Для входящей счёт-фактуры в программе используется два номера.
1. Ваш внутренний номер, для вашего учёта. Обычно используют сквозную нумерацию, для этого достаточно автоматической нумерации в бланке.
2. Входящий номер поставщика. В графе ввода можно ввести 36 знаков. Этого более чем достаточно. Если этого не хватит, то есть клинический случай, можно в редакторе расширить графу ввода. В базе поле имеет 50 знаков.
В книге покупок предусмотрен вывод обеих номеров. В меню Операции\Счета-фактуры\Настройки раздела параметр Режим отладки для книги покупок установить Да.

В последнем обновлении изменился бланк 1.3.Зарплата. Формирование проводок.

Это вам показалось.
Бланк изменялся 22 ноября 2013 г.
Ваше предложение по исправлению формульного раздела повлияет только для коротких наименований начислений и удержаний.
Если будет использовано такое начисление как "Пособие по временной нетрудоспособности", данное исправление никак не сможет повлиять на работу бланка.

Скриншоты ф1 и ф2 были бы более информативны.
По поводу

СОНО" поставьте ДА"

я бы не стал делать, у вас ведь УСН.

..., и самое интересное ,что проверку все проходит. И как быть?

Поверить в правильность формирования отчётности.

а дальше?

И 4.1.?
Тогда начислили много.
У всех удвоение?

СЧИТАТЬ_ОРГ(ИдПол)
ПОЛНПОЛ=ОргПолн!ИдПОЛ

Бланк "2. 2б. Сводная ведомость по страховым взносам", что показывает?

Проверьте определение "ВЫБ_АВ_СЧ".

Из бланка "ИНСТРУКЦИЯ"
ВЫБ_АВ_СЧ ДА - при выборе авансов делать проверку по коду счета
Поставьте НЕТ и будет вам счастье.

Отправил.

Проверьте как настроены папки. Папка DATA должна быть отложена от базы.

Скопируйте файл ib.ini из другой программы.

не нравится параметр КПП плательщика.

Проверьте наличие этого параметра в Реквизитах и Определениях.
В случае обнаружения, удалите.

... мне нужно чтобы выводимый промежуточный итог по участкам (в данном примере сумму бал.ст-ти и нач.износа) был жирным шрифтом, да и названия участков тоже хотелось бы выделять.

В шаблоне можно жирным выделить общий итог.
Промежуточный итог выделить нельзя. Нет в Инфо-Бухгалтере функций управления шрифтом.
Вывод нескольких периодических разделов сделать, в рамках стандартной поставки, нельзя.
Даже нельзя вывести периодический раздел в две и более строк.

Находясь в бланке, выберите меню Правка\Редактировать, затем Правка\Компилировать.

Только снесенное определение "Конфигурация" так и не появилось вообще, это нормально? или мне что то предпринять.

1. Это не нормально.
2. Есть одна возможность для этого, удалить обработку входа в программу.
Установка\Настройки\События Вход/открытие базы данных.
Что у вас?

Используйте для вывода шаблон.
P.S. или другие команды.

MenuText2=Добавить налоговые проводки в хоз. операцию
Command2=["OD\Nu_menu.ibl"].МЕНЮ_ДОБ_НУ
MenuText3=Выключить налоговые проводки в хоз. операции
Command3=["OD\Nu_menu.ibl"].МЕНЮ_ВЫКЛ_НУ
MenuText4=Удалить налоговые проводки из хоз. операции
Command4=["OD\Nu_menu.ibl"].МЕНЮ_УД_НУ


Добавьте определение БЛК, значение НЕТ.
P.S. Когда то значение ДА ускоряло работу блока Счетов-фактур. Доступ к файлам (блокировка) осуществлялось на уровне блока. Если стоит НЕТ, то доступ определяется BDE. Сейчас на уровне блока обработок не предусмотрено. Для сетевой версии надо всегда ставить НЕТ. Для локальной версии это значение не имеет.