Мои комментарии

Как это выгружается можно только догадываться. Лучше выгружать через шаблон, как счета-фактуры или книги покупок и продаж. Однако, для акта такого шаблона нет, вернее нет в стандартной поставке.

Такой настройки НЕТ.
Графа 4 предназначена для вывода цены без НДС.

Нельзя, это индексные файлы.

Для этого надо использовать понятие "Торговая наценка" и такой же счёт в плане счетов.
В Розничной торговле, это норма.

Можно даже отключить APP.IBL").Init

Если поможет создание АВТОСОХР_СФ, то хорошо.
Если нет, то пишите на ib@modus.ru посмотрю.
P.S. Точно поможет обновление программы.

Вы скачали полное обновление или горячее?
У Вас полное обновление стоит от какого числа?
Должно быть от 08.07.2015.
В меню Операции\Администрирование\Настройка автоматического обновления проверьте настройки.
Если и это не помогает, то распакуйте хотфикс в текущей папке программы.

Там написано куда передать файл C:\IB\IB10Applications\sehdiag.log, вот и передайте.

А реквизиты контрагента для авансовой сф уже записаны в отдельном файле для книг покупок и продаж, замена данных уже в выписанном сф не меняется.

Интересно, в каком это файле пишется?

3. Произведите на всех дисках каждого компьютера поиск файлов
... и индексов (.px, .x*, .y* и т.п.) и удалите их все.

Вот индексы, да ещё везде, трогать не надо.
Они не для всех файлов могут восстановиться.

Скорее всего, у организации изменился КПП, а в справочнике организаций программы Инфо-Бухгалтер не были внесены изменения.
Для автоматизации проверки контрагентов на сайте налоговой в КЦ Модус был разработан блок проверки.
Если интересно, то пишите ib@modus.ru

Думаю, как обычно в сентябре.

Это в книге покупок или в разделе 8 декларации?

Требовать от контрагента счёт-фактуру на возврат аванса.
Затем ввести её в книгу покупок.

Форма ещё не зарегистрирована в Минюсте.

Вот про гарданты http://www.ib.ru/wiki/577#Guardant

Это старый сервер ключа.

Ключ ищется только для запуска программы на рабочем месте.
Место подключения ключа и расположение базы никак не связаны.
Всё должно работать и так.
Если что не понятно, пишите на ib@modus.ru

Восстановительная стоимость формируется из остатка счёта ОС на текущую дату.
Меняете или исходный остаток или проводки.

По всей видимости придётся подключать уже два сетевых диска, но можно ли в BDE прописать такую конфигурацию или есть иной способ?

Этого делать не надо.
BDE может быть настроено на один диск, а базы лежать на другом.
Всё будет работать нормально. Важно только иметь постоянный доступ к общему ресурсу для BDE.
База может находиться и на любом сетевом ресурсе, главное одинаковое наименование этого ресурса для всех пользователей.

Проблема заключается в том, что ИБ 10 неправильно выгружает данные в EXCEL. В другой формат ИБ 10 не выгружает.

1. Неправильной выгрузка может быть при несоблюдении формата.
Но формата НЕТ.

2. У меня ИБ 10 выгружает в XML формат нормально.
У моих клиентов выгружается декларация по НДС в Контур.
И всё попадает в Сверку. Проблем у них не увидел.

Если ИБ 10 не выгружает нужный XML файл, то этого и надо добиваться.
Главное правильно выделить проблему.
Если проблема не осознана и не выделена, то она не может быть решена.