Мои комментарии

Сделать не проблема.
Напишите письмо на ib@modus.ru.
Пришлю.

Спасибо, понятно.

Терминалогия.
Субсчёт, по английски subaccount. Или искажённое субконто.
А по существу аналитика. Разница в программах в основном по форме вывода информации.

Д50 К 66
В кассу внесены наличные деньги, обычно от физического лица. На счёте 66 надо сделать аналитику по этому лицу, субсчёт.

Да, отработанное время из начисления не берёт, а должна бы.

Этот блок канул в Лету.
Скорее всего надо вносить исправления в формульный раздел.
Пишите ib@modus.ru , звоните (495)368-93-11 подключусь, посмотрю.

Надо поставить количество дней по старому окладу.
Добавить начисление на оставшееся количество дней по новому окладу.
Рассчитать.
Оклад увеличить со следующего месяца.

Там всё и сказано.
Поставьте версию сервера не ниже 2008 и будет всё работать.

Как это выгружается можно только догадываться. Лучше выгружать через шаблон, как счета-фактуры или книги покупок и продаж. Однако, для акта такого шаблона нет, вернее нет в стандартной поставке.

Такой настройки НЕТ.
Графа 4 предназначена для вывода цены без НДС.

Нельзя, это индексные файлы.

Для этого надо использовать понятие "Торговая наценка" и такой же счёт в плане счетов.
В Розничной торговле, это норма.

Можно даже отключить APP.IBL").Init

Если поможет создание АВТОСОХР_СФ, то хорошо.
Если нет, то пишите на ib@modus.ru посмотрю.
P.S. Точно поможет обновление программы.

Вы скачали полное обновление или горячее?
У Вас полное обновление стоит от какого числа?
Должно быть от 08.07.2015.
В меню Операции\Администрирование\Настройка автоматического обновления проверьте настройки.
Если и это не помогает, то распакуйте хотфикс в текущей папке программы.

Там написано куда передать файл C:\IB\IB10Applications\sehdiag.log, вот и передайте.

А реквизиты контрагента для авансовой сф уже записаны в отдельном файле для книг покупок и продаж, замена данных уже в выписанном сф не меняется.

Интересно, в каком это файле пишется?

3. Произведите на всех дисках каждого компьютера поиск файлов
... и индексов (.px, .x*, .y* и т.п.) и удалите их все.

Вот индексы, да ещё везде, трогать не надо.
Они не для всех файлов могут восстановиться.

Скорее всего, у организации изменился КПП, а в справочнике организаций программы Инфо-Бухгалтер не были внесены изменения.
Для автоматизации проверки контрагентов на сайте налоговой в КЦ Модус был разработан блок проверки.
Если интересно, то пишите ib@modus.ru

Думаю, как обычно в сентябре.